Jonathan Cuénoud trabaja para el Departamento Federal Suizo de Asuntos Exteriores (DFSAE) desde 2011. En el DFSAE, es asesor jurídico de la Secciones de Derecho Internacional Humanitario y Justicia Penal Internacional de la Dirección de Derecho Internacional. Entre 2011 y 2013, fue asesor jurídico del Embajador en materia de DIH (DFSAE) En 2019 y 2020, se desempeñó como asesor jurídico principal en DIH de la Misión Permanente de Suiza ante las Naciones Unidas en Ginebra. Antes de formar parte del DFSAE, fue agregado jurídico en el Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR, División Jurídica) y en la ACNUR (Servicio de Enlace para Suiza y Liechtenstein).

Jonathan obtuvo una Maestría en Derecho Internacional Humanitario y Derechos Humanos (LL.M) de la Academia de Derecho Internacional Humanitario y Derechos Humanos de Ginebra, una Maestría en Derecho Internacional y Europeo, y una Licenciatura en Derecho de la Universidad de Neuchâtel, Suiza.